Oňuk krkonošský se páří na konci května a v červnu (podle Milana Vícha) ve vrcholových partiích pohoří. Samci s největší pravděpodobností putují ze svého teritoria v západních Krkonoších po hlavním hřebeni do prostoru mezi Labskou loukou, Violíkem, Vysokým kolem, Martinovkou a Petrovkou, samičky jim z východu z oblasti Obřího Dolu jdou v ústrety. Po dokonaném oplodnění samiček se zase všichni vracejí do svých domovských oblastí, ležících na protilehlých stranách Krkonoš, samičky na východ pod Sněžku a samci do hlubokých lesů kolem Mumlavy a Huťského potoka, do Kotelních jam, na Lysou horu a Zadní Plech a na Vlčí hřeben. Oňuk pravděpodobně kopuluje, jako jediný savec, zády k sobě. Ke spojení se samicí slouží pohlavní orgán – ocas. Ocas připomíná ocas stegosaura se dvěma až čtyřmi výrůstky či rohy. Ty jsou pravděpodobně formou rozvětveného penisu. Oňuk se v mnohém podobá vačnatcům. Jejich zvláštností je, že samci mají většinou dvouhrotý penis, který odpovídá samiččiným dvěma vaginám, protože samice má dvě samostatné dělohy a dvě samostatné pochvy. Ocas oňuka může tedy být zakončen dvou či čtyřhrotým penisem, počet vagin samice není zatím zdokumentován. Vzhledem k tomu, že pravděpodobně nosí po inkubaci vajíčka v kapse – vaku jen jedno mládě, lze se domnívat, že má narozdíl od vačnatců pouze jednu pochvu a samec má penis se dvěma až čtyřmi hroty pouze proto, aby se zvýšila pravděpodobnost, že se alespoň jedním z hrotů penisu do vagíny trefí, když jsou při milostném aktu k sobě zády a tedy se navzájem nevidí. Proč se na sebe samice a samci oňuka při milování odmítají dívat je zatím předmětem dohadů. Vzhledem k plachosti oňuka i s přihlédnutím k tomu, že jde o nočního tvora je ale jisté, že k páření stejně dochází za tmy, kdy toho moc vidět není.
Rozmnožovací aparát oňuka může pro člověka představovat určité nebezpečí. S přihlédnutím k nejbližším příbuzným oňuka lze předpokládat existenci jedového aparátu, který možná slouží jako pomocný orgán při kopulaci, stejně jako u ptakopysků. Zatímco u ježur, dalších blízkých příbuzných oňuka, je jedový dráp prakticky neškodný, ptakopyskové disponují jedovými žlázami v oblasti stehna a jejich jed, který sice není pro člověka smrtelný, způsobuje nesnesitelnou bolest a otoky, které mohou trvat i po několik měsíců. Nedoporučuje se tedy osahávat ocas oňuka či hladit jej po zadku v době páření, protože právě u ptakopyska se stále vedou spory, zda právě jejich jedový aparát neslouží jako pomocný orgán při kopulaci.
Nerušte v době páření oňuky, stačí že je plaší tetřívkové svým tokáním.
